酵素与果醋的共同点在於它们都是发酵食品，也就是说，它们是利用微生物的特性来制造不同特点及风味的液体食品。制作酵素与醋的原料很相似，利用蔬果（通常水果会有较多的运用），刚开始的生产条件也有点类似，利用「糖化菌」将原料中的淀粉切分成较小分子及产生部分酒精，但是接下来的生产步骤就不一样了。

果醋 在酿造过程中加入了基本的食用醋，所产生的醋酸菌会将酒精氧化成醋酸。一般醋酸的酸度落在PH（酸碱值）2.0-3.0左右，当酸度达到这些数字时，必须以杀菌工程将醋酸菌杀灭，不然酸度可能会变得越来越酸。因此，果醋中并没有活性菌的存在。

酵素 在糖化后则进行不同程度的发酵工作，可能利用益菌种（或酵母），让益菌在发酵过程中，分泌不同程度的酵素含量，所以好的酵素中拥有高活性。 

喝酵素好？还是喝醋好？天然酵素或果醋都富含天然蔬果的多元营养，只要不添加任何人工添加物及防腐剂，采取自然的发酵方式来酿制，对身体的健康都是很好的饮品。不过我们还是可以从不同的制作方法与原料来区分出酵素与果醋的好坏与功效。